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Les Golden Eyes sont quelques rares hommes et femmes reconnaissables à leurs yeux couleur or, persécutés pour une raison inique par le reste de la population et toléré par le gouvernement de Republica. L’Etat de Republica est, paradoxalement à son nom, un Etat totalitaire et inégalitaire en guerre perpétuelle avec les Exstintos, une entité terroriste prônant l’eugénisme.
 
Rae MILGRAND, qui est un Golden Eyes, a réussi malgré tout à entrer dans l'armée. Bien que brimé par le reste de ses camarades, Rae ne se laisse pas abattre et est soutenu par son commandant Dane VOYLAND qui est contre cette ségrégation.
 
Mais un jour, Rae va apprendre par hasard un secret au sein de l’armée, attestant du changement profond de Republica et qui bouleversera sa vie.