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Après la destruction de l'Élysion par les chevaliers d'Athéna, Seiya se retrouve dans le coma, une épée d'Hadès plantée dans le cœur. Pour tenter de le sauver, les chevaliers d'Athéna décident de voyager dans le passé. Pendant ce temps, dans l'Élysion, les sceaux qu'Hadès avait placés pour maintenir prisonniers les dieux commencent à se briser un à un, laissant entrevoir la montée d'une nouvelle menace.

Le prêtre Imhotep, ayant attendu cette occasion, sort de son sarcophage et commence son sinistre travail de résurrection des dieux égyptiens, en commençant par Anubis, le dieu des morts, qui reprend rapidement le contrôle des Enfers.

Ce processus de résurrection prend dix ans, période durant laquelle l'Égypte ancienne commence à se réveiller et à revendiquer sa puissance. Les plaies de l'Égypte, portées par les dieux ressuscités, commencent à s'abattre sur le Sanctuaire, menaçant la paix que les chevaliers ont tant lutté à préserver.

Ainsi débute une nouvelle guerre sainte, où les chevaliers devront faire face à d'anciens ennemis, tout en luttant pour sauver non seulement leur ami, Seiya, mais aussi le monde entier de la colère des dieux égyptiens.